《名侦探柯南：百万美元的五棱星》在北海道函馆的斧江财阀收藏库中，怪盗基德意外地送出了他的预告信，目标竟是江户幕府新选组副长土方岁三的日本刀。一直以宝石为猎物的基德，这次的选择令人费解。巧合的是，名侦探服部平次因剑道大会来到此地，在基德行动之日，他迅速识破了基德的伪装并紧追不舍。与此同时，函馆仓库街发现一具胸口有十字伤口的尸体，搜查中牵扯出一位名为“死之商人”的军火商，他一直在寻找斧江家藏匿的宝藏。传说这宝藏与基德欲盗取的刀有着紧密联系，能影响幕末纷争。在基德瞄准宝刀的同时，一位隐秘的剑士也在暗中逼近，一场围绕刀与宝藏的较量即将展开。^^